电解质溶液、生物分子及组分表面润湿的分子建模与模拟
软凝聚态物质
2013-05-20 v1 介观与纳米尺度物理
计算工程、金融与科学
计算物理
摘要
我们将大规模并行分子动力学模拟应用于含电解质、气液界面以及与油水界面接触的生物分子的系统。提出了碱金属卤化物盐的新型分子模型，并用于模拟水溶液中的电解质。通过分子动力学模拟研究了油酸的酶催化羟基化，考虑了大分子的内部自由度。使用Ewald求和方法计算长程静电相互作用。在具有相边界的系统中，由Lennard-Jones势建模的色散相互作用比均匀系统具有更显著的长程贡献。通过实施Janecek截断校正方案来考虑这种效应。在此基础上，访问并有效利用了Steinbuch计算中心的HPC基础设施，对所考虑的分子系统获得了新的见解。
引用
@article{arxiv.1305.4048,
title = {Molecular modelling and simulation of electrolyte solutions, biomolecules, and wetting of component surfaces},
author = {Martin Horsch and Stefan Becker and Juan Manuel Castillo and Stephan Deublein and Agnes Fröscher and Steffen Reiser and Stephan Werth and Jadran Vrabec and Hans Hasse},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.4048},
year = {2013}
}