过氧化氢与水分子同 DNA 磷酸基团竞争性结合的分子动力学研究
生物大分子
2020-04-27 v1
摘要
过氧化氢存在于活细胞中,浓度很低,在重离子束抗癌治疗过程中其浓度会升高。过氧化氢与 DNA、蛋白质及其他生物分子的相互作用尚不清楚。本工作利用分子动力学方法研究了过氧化氢与水分子同 DNA 双螺旋骨架的竞争性结合。模拟针对置于含过氧化氢分子与 Na 反离子的水溶液中 DNA 双螺旋进行。所获得的反离子、HO 与 HO 分子相对于 DNA 磷酸基团氧原子的径向分布函数被用于分析不同复合物的形成。计算得到的平均驻留时间表明,过氧化氢分子在磷酸基团附近停留时间至少为水分子(约 3 ps)的两倍(可达 7 ps)。过氧化氢分子与 DNA 骨架磷酸基团形成的复合物比水分子形成的更为稳定。
引用
@article{arxiv.2004.11882,
title = {Molecular dynamics study of the competitive binding of hydrogen peroxide and water molecules with the DNA phosphate groups},
author = {S. M. Perepelytsya and J. Uličný and S. N. Volkov},
journal= {arXiv preprint arXiv:2004.11882},
year = {2020}
}
备注
13 pages, 6 figures