外电场中 DNA 双螺旋周围 K$^+$ 反离子的动力学：分子动力学研究
生物物理
2020-10-27 v1
摘要
DNA 双螺旋的结构由凝聚在 macromolecule 周围扩散层中的金属反离子稳定。真实条件下反离子的动力学受来自 DNA 和其他生物大分子的电场支配。本工作中，对具有中性化 K 反离子的 DNA 双螺旋系统以及在不同强度（高达 32 mV/{\AA}）外电场中的 KCl 盐溶液系统进行了分子动力学研究。对这些系统的离子电导率分析表明，与 KCl 盐溶液相比，DNA 双螺旋周围的反离子运动减慢。计算得到的{离子迁移率值}在 (0.050.4) mS/cm 范围内，取决于外电场相对于双螺旋的取向。在外电场平行于大分子时，K 反离子沿双螺旋的沟槽移动，在较窄的小沟处停留更久。在外电场垂直于大分子时，反离子的动力学受 DNA 原子影响较小，并且从约 30 mV/{\AA} 的电场值开始，双螺旋经历从双链到单链状态的相变。
引用
@article{arxiv.2010.13596,
title = {Dynamics of K$^+$ counterions around DNA double helix in the external electric field: a molecular dynamics study},
author = {O. O. Zdorevskyi and S. M. Perepelytsya},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.13596},
year = {2020}
}