小鼠丁子香酚嗅觉受体中由气味分子氢键诱导的结构动态交叉相关的分子动力学模拟分析

通过分子动力学（MD）模拟研究了小鼠丁子香酚嗅觉受体（Olfr73）的结构涨落和动态交叉相关，以表征蛋白质在配体结合时的动态响应。由于当前缺乏实验数据，初始结构由人工智能工具 AlfaFold2 生成。我们聚焦于气味分子丁子香酚与受体蛋白的 Ser113、Asn207 和 Tyr260 的氢（H）键，先前实验研究已提示其重要性。在对接模拟中未观察到该 H 键，但在后续 MD 模拟中，与 Ser113 的 H 键在 2–4 ns 内形成。H 键寿命在 1–20 ns 范围内。在具有最稳定（20 ns）H 键的轨迹上，通过计算均方根涨落、动态交叉相关图和随时间动态交叉相关，研究了受体主链 $\alpha$-碳原子的结构涨落。分析提示了一条由配体结合诱导的相关传递路径 Ser113 $\to$ Phe182 $\to$ (Leu259 或 Tyr260) $\to$ Tyr291，时间尺度为 4–6 ns。