溶剂中生物分子导线的电荷输运：桥接分子动力学与模型哈密顿量方法
软凝聚态物质
2015-05-13 v1 其他凝聚态物理
摘要
我们提出了一种基于量子/经典分子动力学(MD)模拟与模型哈密顿量方法相结合的混合方法，用于描述存在溶剂时可变长度生物分子导线中的电荷输运。该方法的核心在于，将基于MD轨迹上分子结构的密度泛函紧束缚计算获得的生物分子电子结构，映射到一个包含与耗散玻色子环境耦合的低维模型哈密顿量上。后者编码了由溶剂和分子构象动力学产生的涨落效应。我们将该方法应用于pG-pC和pA-pT DNA寡聚体作为典型案例，并表明DNA构象涨落在决定和支持电荷输运中至关重要。
引用
@article{arxiv.0901.3432,
title = {Charge transport through bio-molecular wires in a solvent: Bridging molecular dynamics and model Hamiltonian approaches},
author = {R. Gutierrez and R. Caetano and P. B. Woiczikowski and T. Kubar and M. Elstner and G. Cuniberti},
journal= {arXiv preprint arXiv:0901.3432},
year = {2015}
}