跨系统发育树建模基因内容以确定基因间关联发生时刻
种群与进化
2023-09-07 v1 概率论
摘要
本工作中，我们开发了一个基因获得与丢失的随机模型，旨在推断两个基因之间的关联在进化史中何时（若有的话）产生。我们所考虑的数据是一棵物种树，以及各物种中两个基因存在或缺失的信息。我们模型的生物学动机是：若两个基因参与同一生化途径，即二者均为某功能所需，则该途径中一个基因的获得或丢失速率应取决于另一基因在途径中的存在或缺失。然而，若两基因无功能联系，则一个基因的获得或丢失速率应独立于另一基因的状态。我们在该模型下仿真数据，以确定在何种条件下可检测到从独立速率类到依赖速率类的转变。例如，需要多大的树、速率需要多大变化，才能使赤池信息准则（AIC）支持具有两类速率的模型而非仅有一类速率的更简单模型？若偏好两类速率模型，其能否正确检测进化树上发生转变的位置？
引用
@article{arxiv.2309.02813,
title = {Modelling gene content across a phylogeny to determine when genes become associated},
author = {Jiahao Diao and Malgorzata M. O'Reilly and Barbara R. Holland},
journal= {arXiv preprint arXiv:2309.02813},
year = {2023}
}
备注
The Eleventh International Conference on Matrix-Analytic Methods in Stochastic Models (MAM11), 2022, Seoul, Republic of Korea