将断裂 - 融合 - 桥循环建模为随机折纸过程
基因组学
2012-11-13 v1 组合数学
摘要
癌症中的断裂 - 融合 - 桥（Breakage-Fusion-Bridge）循环发生于一段断裂的 DNA 被复制且每个拷贝的末端相互连接时。该结构随后“展开”成一段新的回文 DNA。这是癌症基因组数据中观察到的局部扩增子产生的机制之一。该过程与将纸张折叠多次后展开所产生的折纸序列具有相似性。在此，我们采用此类方法详细研究断裂 - 融合 - 桥结构。首先，我们利用 2-d 树考虑该空间的离散表示，以证明涉及 n 个断裂 - 融合 - 桥循环的定性不同演化共有 2^(n(n-1)/2) 种。其次，我们考虑折叠位置的随机性以确定演化可能性，并描述扩增子如何变得局部化。最后，我们通过利用原代组织癌症样本数据推断断裂 - 融合 - 桥循环的演化来展示这些方法。
引用
@article{arxiv.1211.2356,
title = {Modelling Breakage-Fusion-Bridge Cycles as a Stochastic Paper Folding Process},
author = {CD Greenman and SL Cooke and J Marshall and MR Stratton and PJ Campbell},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.2356},
year = {2012}
}
备注
34 pages, 11 figures