生化信号通路串扰的建模与分析
计算工程、金融与科学
2010-02-23 v1 定量方法
摘要
信号通路是帮助生命科学家结构化理解细胞活动协调性的抽象概念。通路之间的串扰是信号通路展现出的许多复杂行为的原因，并且通常对产生正确的信号-响应关系至关重要。信号通路，特别是串扰的形式化模型，有助于理解并推动实验。我们定义了一种基于以下概念的建模方法：一个通路是通用模块实例（带有内部和外部标签）的（同步）并行组合。然后通过（同步）并行组合和重命名来组合通路；不同的同步和重命名组合会产生不同类型的串扰。我们在PRISM中定义了一些通用模块和五种串扰类型：信号流、底物可用性、受体功能、基因表达和细胞内通讯。我们证明连续随机逻辑属性既可以检测也可以区分这些串扰类型。该方法通过小例子以及对TGF-b/BMP、WNT和MAPK通路之间串扰的分析进行了说明。
引用
@article{arxiv.1002.4062,
title = {Modelling and Analysis of Biochemical Signalling Pathway Cross-talk},
author = {Robin Donaldson and Muffy Calder},
journal= {arXiv preprint arXiv:1002.4062},
year = {2010}
}