代谢图、LIFE方法及药物对结核分枝杆菌作用建模
分子网络
2020-03-30 v1
摘要
本文作为设计药物对代谢作用的高级模型的框架。药物治疗可能通过增强或抑制构成代谢网络的代谢反应来影响代谢。我们引入代谢图（metabolic graphs）的概念，它是具有代谢网络常见专门特征的超图推广。线性通量表达（Linear-in-flux-expression，简称LIFE）是一种分析代谢网络和模拟虚拟患者的方法。我们将LIFE动力学扩展为与代谢图兼容，包括影响生化反应的增强分子和抑制分子的更复杂相互作用。我们讨论了代谢图上平衡存在唯一性所需的网络结构相关结果，并展示了药物对结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，简称MTB）作用的模拟。
引用
@article{arxiv.2003.12400,
title = {Metabolic graphs, LIFE method and the modeling of drug action on Mycobacterium tuberculosis},
author = {Sean T. McQuade and Nathaniel J. Merrill and Benedetto Piccoli},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.12400},
year = {2020}
}
备注
22 pages, 8 figures (4pdf,4tikz)