一种用于通量平衡代谢途径并行分析的系统架构
分子网络
2020-07-03 v3
摘要
本文提出了一种近似建模代谢网络功能的系统架构。采用AND/OR图模型表示代谢网络，系统中的每个处理单元模拟一种代谢物的功能。该系统以图形处理单元（GPU）为硬件平台，在CUDA环境下实现。所提架构利用了网络结构在途径遍历与代谢物遍历两方面固有的并行性。每个单元的功能被定义为能够寻找通量平衡的途径。将小规模与大规模代谢网络中的途径应用于所提架构，并对结果进行了讨论。
引用
@article{arxiv.1804.02867,
title = {A system architecture for parallel analysis of flux-balanced metabolic pathways},
author = {Mona Arabzadeh and Mehdi Sedighi and Morteza Saheb Zamani and Sayed-Amir Marashi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1804.02867},
year = {2020}
}
备注
33 pages, 13 figures, 3 tables