真菌网络的介观分析：量化表型性状的一种方法
定量方法
2017-03-03 v5 无序系统与神经网络
生物物理
摘要
我们研究了介观响应函数（MRFs）在表征大量真菌和黏菌网络中的应用，这些网络是在多种不同实验处理下生长的，包括种间竞争和食真菌动物的攻击。我们通过从实验数据估计菌索电导（产生边权重）来构建“结构网络”，并通过计算每条边上预计的营养物质流量来构建“功能网络”。两种网络具有相同的拓扑结构，我们计算了两类网络的MRFs，以说明构建分类法的两种不同方式，从而将网络分组为相关的真菌和黏菌簇。尽管两种网络分类法都产生了跨物种、处理和实验室的直观合理的网络分组，但我们发现使用功能网络度量的聚类似乎给出了物种或处理组内变异更小的组。我们认为MRFs提供了一种有用的网络行为定量分析，可以（1）帮助总结日益复杂且不断扩展的生物网络集合，（2）帮助提取捕捉种内和种间表型性状细微变化的信息，这些信息是对真菌行为和生态学机制理解所必需的。作为本文的补充，我们还公开了一个大型真菌网络数据集。
引用
@article{arxiv.1406.5855,
title = {Mesoscale analyses of fungal networks as an approach for quantifying phenotypic traits},
author = {Sang Hoon Lee and Mark D. Fricker and Mason A. Porter},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.5855},
year = {2017}
}
备注
16 pages, 3 figures, 1 table