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均值首次通达时间分析揭示简单蛋白折叠模型中的限速步骤、平行通路与死亡通道

统计力学 2009-11-10 v1 q-bio

作者: M. A. Micheelsen , C. Rischel , J. Ferkinghoff-Borg , R. Guerois , L. Serrano

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摘要

我们通过计算系统每个状态到折叠态的均值首次通达时间，分析了蛋白折叠在 FOLD-X 模型中自由能景观上的动力学。得到的折叠过程动力学图显示，其以跨越明确局部自由能极小值的跳跃方式进行。对不同局部极小值的更深入分析允许我们揭示次要的、平行的折叠通路以及死亡通道。

关键词

均值首次通达时间蛋白折叠自由能景观动力学图 FOLD-X 模型

引用

@article{arxiv.cond-mat/0303604,
  title  = {Mean first passage time analysis reveals rate-limiting steps, parallel pathways and dead ends in a simple model of protein folding},
  author = {M. A. Micheelsen and C. Rischel and J. Ferkinghoff-Borg and R. Guerois and L. Serrano},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0303604},
  year   = {2009}
}

备注

7 pages