Locuaz：用于抗体片段优化的计算机模拟平台
生物物理
2024-04-16 v1
摘要
动机：工程化针对特定抗原决定簇的高亲和力结合剂仍然是一项具有挑战性且往往令人望而生畏的任务，需要广泛的实验筛选。计算方法有潜力加速这一过程，降低成本和时间，但前提是它们必须在探索突变、评估亲和力以及修剪无效突变路径方面展现出广泛的适用性和效率。结果：针对这些挑战，我们引入了一个新的计算平台，用于优化蛋白结合剂与其靶标的结合。该平台由一系列模块组成，执行突变选择与应用、用于对相互作用姿态周围的构象进行采样的分子动力学(MD)模拟，以及使用合适的评分函数进行突变优先级排序。值得注意的是，该平台支持不同突变流的并行探索，从而能够在HPC系统上进行计算机模拟高通量筛选。此外，该平台高度可定制，允许用户实现自己的协议。可用性与实现：源代码可在 https://github.com/pgbarletta/locuaz 获取，文档位于 https://locuaz.readthedocs.io/。
引用
@article{arxiv.2404.09370,
title = {Locuaz: an in-silico platform for antibody fragments optimization},
author = {German P. Barletta and Rika Tandiana and Miguel Soler and Sara Fortuna and Walter Rocchia},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.09370},
year = {2024}
}