IQRray，一种用于Affymetrix微阵列质量控制的新方法，以及同源器官保守性评分，一种用于质量控制度量的新基准方法
基因组学
2013-10-09 v1
摘要
动机：公共数据库中积累的微阵列结果被广泛用于元分析研究和二级数据库。使用该技术获得的数据质量因实验而异，需要有效的质量评估方法以确保其可靠性。结果：缺乏良好的基准阻碍了对现有质量控制方法的评估。在本研究中，我们提出了一种新的独立质量度量，该度量基于表达谱的进化保守性。我们使用11个大型器官特异性数据集表明，我们开发的新质量度量IQRray在14个测试的度量中与该参考度量显示出最高的相关性。在由来自许多独立实验的阵列组成的数据集中，IQRray在识别低质量阵列方面优于其他方法。相比之下，为检测单个实验中的异常值而设计的方法（如NUSE和RLE）性能较低，因为这些方法无法检测仅包含低质量阵列的数据集，并且分数无法在实验之间直接比较。可用性：IQRray的R实现可在以下网址获得：ftp://lausanne.isb-sib.ch/pub/databases/Bgee/general/IQRray.R
引用
@article{arxiv.1310.2129,
title = {IQRray, a new method for Affymetrix microarray quality control, and the homologous organ conservation score, a new benchmark method for quality control metrics},
author = {Marta Rosikiewicz and Marc Robinson-Rechavi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.2129},
year = {2013}
}