MRQy：一种用于磁共振成像数据质量控制的开源工具
图像与视频处理
2021-06-09 v3 计算机视觉与模式识别
机器学习
定量方法
应用统计
摘要
我们旨在开发一种定量工具，以快速确定大型 MR 成像队列（如 The Cancer Imaging Archive (TCIA) 中可用的）内部及之间的 MRI 体积相对差异，从而帮助确定 radiomics 和机器学习方案对未知数据集的泛化能力。该工具旨在帮助量化（a）图像分辨率、视野或图像对比度中站点或扫描仪特定的变化，或（b）噪声、运动、不均匀性、环形伪影或混叠等成像伪影的存在；这些都可能对数据队列间的相对图像质量产生不利影响。我们提出 MRQy，一种新型开源质量控制工具，以（a）检查 MRI 队列中基于站点或设备的差异，并（b）量化 MRI 伪影对相对图像质量的影响；从而在模型开发前帮助确定如何校正这些变异。MRQy 提取一系列质量度量（如噪声比、变异指标、熵和能量准则）和 MR 图像元数据（如体素分辨率、图像维度），以便通过专为实时过滤和趋势可视化设计的基于 HTML5 的专用前端进行后续检查。MRQy 被用于评估（a）来自 TCIA 的 n=133 例脑部 MRI（7 个站点），和（b）n=104 例直肠 MRI（3 个本地站点）。MRQy 度量揭示了两个队列中显著的站点特定变异，表明存在潜在的批次效应。特定 MRQy 度量的显著差异也能够识别需要针对常见 MR 成像伪影进行校正的离群 MRI 数据集。MRQy 被设计为一种独立的、无监督的工具，可在标准台式计算机上高效运行。它已在 \url{http://github.com/ccipd/MRQy} 免费提供，以供更广泛的社区使用和反馈。
引用
@article{arxiv.2004.04871,
title = {MRQy: An Open-Source Tool for Quality Control of MR Imaging Data},
author = {Amir Reza Sadri and Andrew Janowczyk and Ren Zou and Ruchika Verma and Niha Beig and Jacob Antunes and Anant Madabhushi and Pallavi Tiwari and Satish E. Viswanath},
journal= {arXiv preprint arXiv:2004.04871},
year = {2021}
}
备注
28 pages, 7 figures. Submitted to Medical Physics