通过拓扑分析从临床表型推断 COVID-19 生物通路
计算与语言
2022-05-03 v3 代数拓扑
摘要
COVID-19 已在全球造成数千人死亡，并导致大规模国际经济紊乱。识别与该疾病相关的通路有助于医学研究者更好地理解该病症的特性。此过程可通过分析医疗记录来完成。及时开发能够辅助研究者进行该过程的工具和模型至关重要。然而，医疗记录通常是非结构化的临床笔记，这给自动化系统的开发带来了重大挑战。本文提出一种流程，以辅助从业者分析临床笔记并揭示与该疾病相关的通路。我们的流程依赖拓扑性质，包含三个步骤：1）对临床笔记进行预处理以提取显著概念，2）构建患者特征空间以刻画所提取概念，以及 3）利用拓扑性质提炼可用知识并可视化结果。我们在公开可用的 COVID-19 临床笔记数据集上的实验证明，我们的流程确实能提取有意义的通路。
引用
@article{arxiv.2101.07417,
title = {Inferring COVID-19 Biological Pathways from Clinical Phenotypes via Topological Analysis},
author = {Negin Karisani and Daniel E. Platt and Saugata Basu and Laxmi Parida},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.07417},
year = {2022}
}
备注
Proceedings of the AAAI Workshop on Health Intelligence 2021