使用FORTRAN 77/90语言实现蛋白质三维结构的球坐标表示及其应用
摘要
我们此前描述了蛋白质三维结构的球坐标(rho, phi, theta)表示及其两种应用：将蛋白质的外层(OL)与内核(IC)分离，以及评估蛋白质表面的凸起与凹陷(Reyes, V.M., 2011 & 2009)。在此，我们展示的结果证明了用于实现上述两种应用的FORTRAN 77和90程序的性能成功，并介绍了如何实现这两种应用。特别地，我们在此展示的数据证明了使用Laskowski等人(1996)数据集的一个子集时我们的OL-IC分离方法的成功。利用一个以不规则椭球点网格形式呈现的理论模型蛋白（带有或不带有人工构建的凸起或凹陷），我们还展示了证明蛋白质表面凸起和凹陷可被预测的结果。我们在此介绍的九个程序及其各自功能为：find_molec_centr.f：寻找蛋白质分子几何中心的x、y和z坐标；cart2sphere_degrees.f90：将PDB蛋白质坐标转换为球坐标，其中phi和theta以度为单位；cart2sphere_radians.f90：执行与第二个程序相同的功能，但phi和theta以弧度为单位；spher2cart_degrees.f90：将坐标从球坐标转换回PDB，输入的phi和theta以度为单位；spher2cart_radians.f90：执行与第四个程序相同的功能，但phi和theta以弧度为单位；find_rho_cutoff.f：确定用于寻找OL与IC之间边界的rho截断值；phi6_theta8_binning.f90：以phi六度、theta八度为增量进行分箱；phi10_theta10_binning.f90：以phi和theta均十度为增量进行分箱；以及bin_rho.f90：对rho值进行分箱以绘制最大rho值的频率分布。
引用
@article{arxiv.1512.00424,
title = {Implementation of the Spherical Coordinate Representation of Protein 3D Structures and its Applications Using FORTRAN 77/90 Language},
author = {Vicente M. Reyes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.00424},
year = {2015}
}
备注
36 pages, 10228 words total (27 pages/9384 words text, 9 pages/844 words figures+tables+legends), 7 figures total (fig. 1: panels A, B & C, fig. 2: panels A, B, C & D), 6 tables total (tbl. 1, tbl. 2, tbl. 3: panels A, B & C, tbl. 4)