HINO：一个与 BFO 对齐的本体，用于表示人类分子相互作用和通路

许多数据库资源（如 Reactome）收集了来自同行评审文献的手动注释反应、相互作用和通路。这些数据资源中的相互作用者（例如蛋白质）、相互作用和通路通常使用 BioPAX（一种标准通路数据交换格式）作为实例来表示。然而，由于这些相互作用在适当条件下总是发生，因此将它们表示为类（或普遍概念）更为合适。本研究旨在通过与基础形式本体（Basic Formal Ontology, BFO）对齐的形式本体，将各种人类相互作用通路和网络表示为类。为此，通过扩展与 BFO 对齐的相互作用网络本体（INO），生成了人类相互作用网络本体（HINO）。首先，将 Reactome 中列出并以 BioPAX 表示的所有人类通路及相关过程和相互作用者，通过在 INO 下对齐转换为本体类。还从外部本体（如 CHEBI 和 GO）检索并导入了相关术语及其关联关系和层次结构。HINO 本体术语在链接本体数据服务器 Ontobee 中得到解析。存储在 RDF 三元组库中的 RDF 三元组可通过 SPARQL 程序进行查询。此类本体系统支持高级通路数据集成和应用。