GWGGI：用于全基因组基因-基因相互作用分析的软件
定量方法
2015-05-07 v1 数据结构与算法
基因组学
应用统计
摘要
背景：尽管基因-基因相互作用在人类疾病中的重要性已得到充分认可，但识别它们一直是一项巨大挑战，尤其是通过涉及数百万遗传标记和数千个体的关联研究。在高维关联研究中，极其需要计算高效且强大的工具来识别新的基因-基因相互作用。结果：我们开发了用于全基因组基因-基因相互作用分析的C++软件(GWGGI)。GWGGI利用基于树的算法搜索大量遗传标记以寻找疾病相关的联合关联，并考虑高阶相互作用，然后使用非参数统计检验该联合关联。该软件包包含两个功能：似然比曼-惠特尼(LRMW)和树组装曼-惠特尼(TAMW)。我们优化了软件的数据存储和计算效率，使其能够在个人计算机上运行全基因组分析成为可能。通过使用两个具有近50万遗传标记的真实数据集演示了GWGGI的使用。结论：通过实证研究，我们证明了使用GWGGI的全基因组基因-基因相互作用分析可在个人计算机上合理时间内完成（即LRMW约3.5小时，TAMW约10小时）。我们还表明，LRMW适合检测具有中到强边际效应的少数遗传变异之间的相互作用，而TAMW有助于检测大量低边际效应遗传变异之间的相互作用。
引用
@article{arxiv.1505.01187,
title = {GWGGI: software for genome-wide gene-gene interaction analysis},
author = {Changshuai Wei and Qing Lu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.01187},
year = {2015}
}