geohabnet:用于生物安全与保育的栖息地连通性映射 R 软件包
种群与进化
2026-01-15 v2 定量方法
摘要
基于宿主可用性和环境适宜性等因素的栖息地适宜性映射是确定哪些位置对物种扩散具有重要作用的常见方法。栖息地连通性映射进一步深入地分析,评估位置在生物学入侵、疫情或物种保育中的潜在作用。虽然栖息地适宜性高的 Location 可能在物种扩散中扮演次要角色(若地理上孤立),但栖息地适宜性较低的 Location 若充当区域之间桥梁(否则将被物理隔离),则可能在物种扩散中发挥主要作用。本文介绍 geohabnet R 软件包,该软件包通过栖息地景观评估物种扩散的潜在重要性。geohabnet 纳入了如散播概率和栖息地适宜性等关键因素,构建网络框架以更好地理解宿主相关物种(如致病菌、节肢动物害虫或传粉动物)的栖息地连通性。geohabnet 使用公开或用户提供的数据集、六个网络中心度指标以及用户选择的地理尺度。我们提供了在非洲和美洲针对新兴植物害虫的监测优先级示例。这些示例说明用户如何为特定物种应用 geohabnet 并生成估计的地理位置对物种扩散重要性的地图。geohabnet 提供了一个快速、开源且可复现的基准,用于在广泛的地理尺度范围内量化物种的栖息地连通性,并评估物种通过栖息地景观进行扩张的潜在情景。geohabnet 支持生物安全项目、入侵科学和保育生物学,在为跨境致病菌、害虫或濒危物种进行管理决策时进行优先级排序。
引用
@article{arxiv.2510.24955,
title = {geohabnet: An R package for mapping habitat connectivity for biosecurity and conservation},
author = {Aaron I. Plex Sulá and Krishna Keshav and Ashish Adhikari and Romaric A. Mouafo-Tchinda and Jacobo Robledo and Stavan Nikhilchandra Shah and Karen A. Garrett},
journal= {arXiv preprint arXiv:2510.24955},
year = {2026}
}