濒危淡水贻贝的基因组进化

近中性理论预测，与大种群相比，小种群中的进化过程将有所不同，这是濒危物种关注的关键点。近中性阈值、中性变异的跨度以及新突变产生的适应潜力均取决于有效种群大小$N_e$。为了确定基因组在小种群中如何响应，我们为一种美国联邦濒危IUCN红色名录淡水贻贝——Elliptio spinosa创建了参考基因组，并将其与一种常见且成功的近亲Elliptio crassidens的遗传变异进行比较。我们发现E. spinosa中更高的背景重复率，这与根据近中性过程提出的重复基因积累理论一致。除了这些变化外，我们还观察到这种濒危物种中适应性基因家族扩增的案例较少。然而，转座子（TE）含量与近中性理论不一致。我们观察到濒危物种中TE的近期增殖显著减少，Elliptio crassidens中有超过500 Mb的新复制TEs。这些结果表明TE与重复基因之间的相互作用比先前针对小种群提出的更为复杂。它们进一步表明，TE和重复基因需要在濒危物种基因组健康调查中受到更多关注。