从第一性原理出发的遗传相互作用
统计方法学
2021-03-23 v2
摘要
我们从概率原理和基本要求出发,推导出一个通用的相互作用统计模型。生物医学研究中主流的相互作用模型在数学上和实践上都存在分歧。特别是,遗传相互作用的研究缺乏明显的数学统一性。我们的模型揭示了迄今为止未被注意到的理论性质,这些性质对于遗传相互作用图谱尤其有价值,因为在此类研究中,机制细节大多未知,基因变异的分布在不同群体间存在差异,并且遗传易感性会通过连锁不平衡被虚假地传播。当应用于迄今为止最大的酿酒酵母(Saccharomyces Cerevisiae)相互作用图谱实验数据时,我们的结果表明对正相互作用的排斥性较低,检测到了有据可查的枢纽节点,并对当前已知遗传相互作用景观的功能区域进行了部分重绘。对不同功能类别注释的评估进一步表明,正相互作用在核糖体生物发生中的作用比先前认识到的更为重要。本文阐述的统一论证框架使得能够用共同的框架分析不同的相互作用模型和实验数据。
引用
@article{arxiv.1705.10841,
title = {Genetic interactions from first principles},
author = {Jorge Fernandez-de-Cossio and Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz and Yasser Perera},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.10841},
year = {2021}
}
备注
19 pages, 4 figures in the main text and 7 other figures