符号上位性与相互作用的几何结构
种群与进化
2018-02-15 v1
摘要
基于符号上位性（sign epistasis）的基因相互作用研究方法在近年来极具影响力。符号上位性可用于关联适应度景观的局部与全局性质，以及分析进化轨迹与约束。另一方面，基因相互作用的几何理论以极小依赖关系的形式提供关于相互作用的完整信息。我们提出一种结合两种方法有代表性的新框架。特别地，我们提供高效工具以在大型遗传系统中识别符号上位性及相关的序扰动，并应用于致疟寄生虫 Plasmodium vivax。我们发现超出符号上位性的序扰动在无药环境中普遍存在，这与祖先型反向进化困难的观测结果吻合良好。作为一个理论应用，我们研究了基因型按适应度排序的秩序与加性之间的关系。
引用
@article{arxiv.1802.05228,
title = {Sign Epistasis and the Geometry of Interactions},
author = {Kristina Crona},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.05228},
year = {2018}
}