蛋白质液滴形成的有限尺寸标度分析
生物物理
2020-02-26 v1 软凝聚态物质
摘要
细胞内生物分子凝聚体的形成常涉及固有无序蛋白(IDPs)，且其中若干IDPs亦能通过液-液相分离独自形成类液滴致密组装体。在建模热力学相变时，有限尺寸标度分析是一种公认的有价值工具。然而，据我们所知，该方法此前尚未应用于序列依赖性生物分子相分离这一计算上具有挑战性的问题。在此，我们实施有限尺寸标度方法，以考察连续疏水/极性蛋白质模型中两条10珠序列的相行为。结合这些序列的可逆显式链蒙特卡洛模拟，有限尺寸标度分析被证明尽管依赖于渐近大系统的理论结果，仍是可行且有益的。尽管两条序列在低温下均形成致密团簇，该分析表明仅其中一条发生液-液相分离。此外，液滴形成开始的转变温度随系统尺寸收敛缓慢，即便对我们最大的系统，该转变仍偏移约8%。利用有限尺寸标度分析，可估计并修正此偏移。
引用
@article{arxiv.2001.06542,
title = {Finite-size scaling analysis of protein droplet formation},
author = {Daniel Nilsson and Anders Irbäck},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.06542},
year = {2020}
}
备注
18 pages, 8 figures, to appear in Physical Review E