利用记忆效应检测生化子网络的边界
生物物理
2023-10-19 v1 统计力学
数据分析、统计与概率
摘要
生化反应网络的部分测量十分普遍，这限制了我们重建反应网络拓扑以及观测与未观测分子物种间相互作用强度的能力。在此，我们展示如何利用此类部分观测网络的含噪时间序列，来确定观测部分中哪些物种构成了其边界，即与未观测部分存在显著相互作用。这为可靠的网络重建开辟了途径。该方法利用了将整个网络动力学投影到观测子网络时所产生的记忆项。我们将其应用于表皮生长因子受体（EGFR）网络的动力学，并表明即使在显著噪声水平下它也有效。
引用
@article{arxiv.2310.12022,
title = {Exploiting memory effects to detect the boundaries of biochemical subnetworks},
author = {Moshir Harsh and Leonhard Götz Vulpius and Peter Sollich},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.12022},
year = {2023}
}
备注
Main text: 6 pages with 4 figures and Supplemental material: 13 pages with 9 figures