由同聚物核苷酸重复推断 SARS-CoV-2 的演化趋势
种群与进化
2022-01-04 v1 定量方法
应用统计
摘要
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2（SARS-CoV-2）是当前全球 COVID-19 大流行的病原体，已造成数百万人丧生。理解该冠状病毒的跨种演化可能为开发有效疫苗、监测传播趋势以及预防新的跨种感染提供见解。同聚物核苷酸重复（HP）是最简单的串联重复，是真核生物基因组的一个普遍特征。然而，HP 在冠状病毒基因组演化中的分布与作用很少被研究。在本研究中，我们刻画了蝙蝠与人冠状病毒以及 SARS-CoV-2 变体基因组中 HP 的分布与趋势。结果表明，SARS-CoV-2 基因组富含 HP，且在演化过程中 HP 含量增加。特别是，冠状病毒 HP poly-(A/T) 与 ploy-(C/G) 的差异性在人宿主演化过程中增加。HP poly-(A/T) 与 ploy-(C/G) 的差异性与宿主适应及冠状病毒的毒力水平相关。因此，我们提出 HP 差异性可作为冠状病毒跨种演化水平的定量度量。特别地，HP 差异性度量推断 SARS-CoV-2 Omicron 变体具有高的 HP poly-(A/T) 与 ploy-(C/G) 差异性，表明其对人宿主的高适应性。
引用
@article{arxiv.2201.00238,
title = {Evolutionary trend of SARS-CoV-2 inferred by the homopolymeric nucleotide repeats},
author = {Changchuan Yin},
journal= {arXiv preprint arXiv:2201.00238},
year = {2022}
}