油棕基因组结构与功能注释的基于证据的基因模型
基因组学
2017-09-12 v2
摘要
快速且廉价的DNA测序技术的出现导致了海量数据的爆发，这些数据亟待转化为关于基因组结构与功能的知识。基因预测通常是基因组分析的起点。本文提出了一项针对油棕基因组的生物信息学研究，包括比较基因组学分析、数据库与工具开发，以及针对感兴趣基因的生物数据发掘。我们注释了从两个独立的基因预测流程Fgenesh++和Seqping整合得到的26,059个油棕基因。该整合注释相较于2013年发布的初步注释有显著改进。我们对无内含子基因、抗性基因以及脂肪酸生物合成基因进行了全面分析，并证明了当前基因组注释的高质量。在油棕基因组中鉴定出3,658个无内含子基因，这是进化研究的重要资源。对油棕基因的进一步分析揭示了210个参与病原防御的候选抗性基因。脂肪酸具有从食品到工业原料的多种应用，我们鉴定了油棕中参与脂肪酸生物合成的42个关键基因。这些结果为植物基因组研究提供了重要资源，并为油棕及相关作物的标记辅助育种奠定了理论基础。
引用
@article{arxiv.1702.07246,
title = {Evidence-based gene models for structural and functional annotations of the oil palm genome},
author = {Chan Kuang Lim and Tatiana V. Tatarinova and Rozana Rosli and Nadzirah Amiruddin and Norazah Azizi and Mohd Amin Ab Halim and Nik Shazana Nik Mohd Sanusi and Jayanthi Nagappan and Petr Ponomarenko and Martin Triska and Victor Solovyev and Mohd Firdaus-Raih and Ravigadevi Sambanthamurthi and Denis Murphy and Leslie Low Eng Ti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1702.07246},
year = {2017}
}