从单细胞基因表达测量估算内在与外在噪声
定量方法
2016-01-14 v1 统计方法学
摘要
基因表达是随机的，并在细胞内和细胞间均表现出变异（“噪声”）。通过将对全方差定律应用于双报告基因测定（该测定探测单细胞中相同基因对的表达）的数据，可将细胞内（内在）方差与细胞外（外在）方差区分开。我们审视了用于估算内在和外在噪声的既有公式，并基于层次模型给出了对它们的解释。这使我们能够推导出最小化均方误差的修正，这一目标在样本量较小时可能十分重要。该统计框架还强调了分位数归一化的必要性，并为使用两个报告基因表达水平之间的样本相关性来估算外在噪声对总噪声的百分比贡献提供了依据。最后，我们给出了这些结果的几何解释，澄清了当前的诠释。
引用
@article{arxiv.1601.03334,
title = {Estimating intrinsic and extrinsic noise from single-cell gene expression measurements},
author = {Audrey Fu and Lior Pachter},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.03334},
year = {2016}
}