纠缠不变量与系统发育分支

可以在受物理学启发的动力学张量描述的背景下考虑系统发育学中序列进化的随机模型。在此框架下处理问题，可以利用数学物理中成熟的方法来服务于生物学领域。我们提出了具有分支事件的系统发育学同质连续时间马尔可夫链模型的张量描述，这些分支事件由动力学操作生成。系统发育学的标准结果被证明可以从张量框架推导出来。我们总结了量子物理学中纠缠度量的强大方法，并展示了其与系统发育分析的相关性。发现纠缠度量给出的距离度量与系统发育学中已知的度量等价，并对其进行了扩展。特别是，我们建立了系统发育数据的群不变函数与系统发育距离函数之间的联系。我们引入了一种新的、适用于三个分类单元的距离度量，该度量基于物理学中称为“tangle”的群不变函数。所有工作均针对具有任意速率矩阵的同质连续时间马尔可夫链模型展开。