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面向联合药物治疗的端到端 $n$ 元关系抽取

计算与语言 2023-03-30 v1

摘要

联合药物治疗是涉及两种或更多药物的治疗方案,更常用于癌症、HIV、疟疾或结核病患者。目前 PubMed 中有超过 35 万篇文献使用“combination drug therapy”MeSH 主题词,且在过去二十年中每年至少发表 1 万篇。从科学文献中抽取联合疗法本质上构成一个 nn 元关系抽取问题。不同于 nn 固定的通用 nn 元设定(例如药物-基因-突变关系,其中 n=3n=3),抽取联合疗法是一种特殊设定,其中 n2n \geq 2 是动态的,取决于每个实例。最近,Tiktinsky 等人(NAACL 2022)引入了首个此类数据集 CombDrugExt,用于从文献中抽取此类疗法。在此,我们使用序列到序列风格的端到端抽取方法,在 CombDrugExt 测试集上对阳性(或有效)组合取得了 66.7%66.7\% 的 F1 分数。这比先前具有已识别药物实体(因而不是端到端)的最佳关系分类分数绝对提升了约 5%5\% 的 F1 分数。因此,我们的工作引入了首个最先进的端到端抽取模型,其已优于此前最佳的非端到端模型。我们的模型在单次传递中无缝抽取所有药物实体与关系,且高度适用于动态 nn 元抽取场景。

关键词

引用

@article{arxiv.2303.16886,
  title  = {End-to-End $n$-ary Relation Extraction for Combination Drug Therapies},
  author = {Yuhang Jiang and Ramakanth Kavuluru},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2303.16886},
  year   = {2023}
}

备注

Accepted to appear in IEEE ICHI 2023. Code: https://github.com/bionlproc/end-to-end-CombDrugExt