从不完整数据高效枚举有向二元完美系统发育树
数据结构与算法
2012-03-16 v1 种群与进化
摘要
我们研究了一个基于特征的系统发育重建问题，其中给定了一组不完整的数据。更具体地说，我们考虑在有向完美系统发育假设下，具有二元特征的情况，其中某些物种的某些特征状态缺失。我们的主要目标是给出一个高效算法来枚举（或列出）在缺失条目被补全时可以得到的全部完美系统发育树。虽然简单的分支定界算法(B&B)在理论上表现良好，但我们提出了另一种基于零压缩二元决策图(ZDD)的方法。在随机生成数据上的实验结果表明，ZDD方法优于B&B。我们还证明了与给定数据一致的系统发育树的计数问题是#P完全的，从而为高效随机抽样似乎困难提供了证据。
引用
@article{arxiv.1203.3284,
title = {Efficient Enumeration of the Directed Binary Perfect Phylogenies from Incomplete Data},
author = {Masashi Kiyomi and Yoshio Okamoto and Toshiki Saitoh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.3284},
year = {2012}
}
备注
Extended abstract to appear in 11th International Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2012)