一般支化分子中约束的效应：HCO-L-Ala-NH2的量子从头算定量研究
生物大分子
2009-11-13 v2 软凝聚态物质
摘要
描述了一种设计蛋白质折叠精确经典势的通用方法。它包括引入同一势能不同近似间差异的有意义统计度量、定义一组系统且近似可分离与模块化的内坐标(SASMIC)（对一般支化分子模拟极为便利）、以及对振荡最快的自由度施加约束。所有这些工具被用于研究模型二肽HCO-L-Ala-NH2构象平衡分布(CED)中约束的效应。我们使用包含MP2级别电子相关的从头算量子力学计算描述系统，并在无任何简化假设下测量基于势能面(PES)的朴素CED的修正项的构象依赖性。这些项与质量度量张量行列式相关，也出现在Fixman补偿势中。我们表明若关注整个Ramachandran空间，某些修正是不可忽略的。另一方面，若仅假定含主要二级结构元素的低能区相关，则直至相当长的肽段所有修正项均可忽略。据我们所知，这是首次在具有现实势能函数的相关生物分子中对这些修正项的构象依赖性进行分析。
引用
@article{arxiv.q-bio/0602022,
title = {Effects of constraints in general branched molecules: A quantitative ab initio study in HCO-L-Ala-NH2},
author = {Pablo Echenique and J. L. Alonso and Ivan Calvo},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0602022},
year = {2009}
}
备注
8 pages, 1 figure, LaTeX, aipproc style (included)