广义共同与保守嵌套区间的简易识别
数据结构与算法
2013-12-03 v2
摘要
本文阐释如何简便地计算基因簇，这些基因簇被形式化为经典或广义的嵌套共同或保守区间，存在于由K个排列表示的K个基因组之间。一个大小为|I|的b-嵌套共同（或保守）区间I，要么是大小为1的区间，要么是一个共同（或保守）区间，且包含另一个大小至少为|I|-b的b-嵌套共同（或保守）区间。当b=1时，这对应于经典的嵌套区间概念。我们给出了两种简单算法，可在O(Kn+nocc)时间内输出K个排列之间的所有b-嵌套共同或保守区间，其中nocc是此类区间的总数。我们还解释了如何在O(Kn)时间内统计所有b-嵌套区间。为此，我们提出了保守区间族的新性质。
引用
@article{arxiv.1305.4747,
title = {Easy identification of generalized common and conserved nested intervals},
author = {Fabien de Montgolfier and Mathieu Raffinot and Irena Rusu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.4747},
year = {2013}
}