解析地理隔离与生态隔离对遗传分化的影响
种群与进化
2013-09-12 v4
摘要
种群可能因地理距离以及因降低成功迁移率的生态或环境差异而在遗传上被隔离。实证研究通常试图在控制地理距离的同时，调查遗传分化与某些生态变量之间的关系，但解决此问题的常用方法（如偏 Mantel 检验）存在诸多缺陷。在本文中，我们提出了一种贝叶斯方法，使用户能够量化地理距离和生态距离对采样种群或个体间遗传分化的相对贡献。我们将一组种群在一组非连锁位点上的等位基因频率建模为空间相关的高斯过程，其中协方差结构是地理距离和生态距离的递减函数。模型参数使用马尔可夫链蒙特卡洛算法进行估计。我们将此方法称为“通过空间结构和局部生态进行等位基因分化贝叶斯估计”(BEDASSLE)，并已在统计平台 R 中以用户友好的格式实现了该方法。我们通过模拟研究以及对人类和玉米属 (teosinte) 数据集的实证应用展示了其效用。
引用
@article{arxiv.1302.3274,
title = {Disentangling the effects of geographic and ecological isolation on genetic differentiation},
author = {Gideon Bradburd and Peter Ralph and Graham Coop},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.3274},
year = {2013}
}