发现模体以指纹识别多层网络:以秀丽隐杆线虫连接组为例
分子网络
2024-09-02 v2
摘要
模体发现是一种量化网络结构并探索其功能的强大且富有洞察力的方法。作为案例研究,我们对模式生物秀丽隐杆线虫(C. elegans)连接组中的调控模体进行了全面分析。利用高效子图计数算法包(ESCAPE)算法,我们识别了秀丽隐杆线虫多层神经系统中的网络模体,并将其与功能回路联系起来。我们进一步研究了信号通路中的模体富集情况,并将我们的发现与具有相似规模和链接密度的随机网络进行了基准比较。我们的发现为这一记录详尽的生物体的神经网络组织提供了宝贵的见解,并且可以轻松地推广到其他物种和学科。
引用
@article{arxiv.2408.13263,
title = {Discovering Motifs to Fingerprint Multi-Layer Networks: a Case Study on the Connectome of C. Elegans},
author = {Deepak Sharma and Matthias Renz and Philipp Hövel},
journal= {arXiv preprint arXiv:2408.13263},
year = {2024}
}
备注
23 pages (plus 40 pages as appendix): 7 tables and 7 figures in the main text, additional tables in the Appendixes A - H