从多态性频率谱检测定向选择
种群与进化
2007-07-18 v1
摘要
种群中遗传多态性的分布包含了关于位点突变率和自然选择强度的信息。在此，我们表明用于群体遗传推断的泊松随机场 (PRF) 方法存在系统性偏差，倾向于低估选择压力和突变率，并错误地推断出正向选择。这些问题源于 PRF 方法固有的无限位点近似。我们引入了三种新的推断技术来修正这些问题。我们提出了 PRF 方法的有限位点修正，以及两种基于扩散模型推断选择压力和突变率的新方法。我们的方法不仅可以推断作用于基因序列的选择压力的“加权平均值”，还可以推断位点间选择压力的分布。通过与 Wright-Fisher 模拟进行比较，我们评估了我们方法的准确性以及原始 PRF 方法的准确性。
引用
@article{arxiv.0707.2428,
title = {Detecting Directional Selection from the Polymorphism Frequency Spectrum},
author = {Michael M Desai and Joshua B. Plotkin},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.2428},
year = {2007}
}