审稿人的数据科学技能：I 生物X射线晶体学
生物大分子
2017-05-01 v1
摘要
由于如今审稿人越来越希望评判所提交文章的基础数据，及时提供审稿人所需进行的数据评估检查的概要正逢其时。由于这些检查因领域而异，本文聚焦于生物X射线晶体学文章的需求，该方法是导致PDB deposition的主要使用的方法。文中通过实例描述了审稿人对文章基础数据的预期检查。这些检查必然包括审稿人检查随文章提交中的每个晶体结构的PDB验证报告；此检查虽必要，但不足以构成完整评估。期望审稿人针对作者处理的衍射数据，对作者的生物大分子坐标进行一轮模型精修，并查看模型和Fo-Fc电子密度图的各种验证检查，例如在Phenix_refine和COOT中。如果审稿人认为必要，应对衍射数据图像进行重新处理（例如，达到与作者提交不同的衍射分辨率）。这可以要求作者完成，或者如果审稿人愿意，也可由审稿人自己直接进行。希望进行这些数据检查的审稿人可能希望获得证明其掌握这些数据科学技能的证书。此类自愿认证培训的组织可例如通过那些由IUCr正式认可颁发此类证书的晶体学协会来进行。
引用
@article{arxiv.1704.08848,
title = {Data science skills for referees: I Biological X-ray crystallography},
author = {John R Helliwell},
journal= {arXiv preprint arXiv:1704.08848},
year = {2017}
}