系统生物学中的数据管理 I——综述与文献目录

大型系统生物学项目可能包含多个通常位于不同国家的工作组。本文概述了系统生物学中现有的数据标准，以及在大型分布式研究项目中生成数据的管理、存储、交换和集成；从实践角度说明了不同方法的优缺点；广泛综述了现有软件（开源和商业）及相关文献，以便读者能够决定哪种数据管理方法最适合其特定需求。重点介绍了工作流系统和基于TAB的格式的使用。这种格式的数据可以使用实验生物学家熟悉的电子表格程序轻松查看和编辑。介绍了使用工作流标准化访问自身或公共数据库中的数据以及标准化操作程序。关于使用本体和语义网技术进行数据管理的讨论将在另一篇论文中进行。