bdbms——面向生物数据的数据库管理系统
摘要
生物学家越来越多地使用数据库来存储和管理他们的数据。生物数据库通常包含原始数据、元数据、序列、注释以及从各种来源获取的相关数据的混合体。当前的数据库技术缺乏生物数据库所需的几项功能。在本文中，我们介绍了 bdbms，一个用于支持生物数据的可扩展原型数据库管理系统。bdbms 扩展了当前 DBMS 的功能，包括：(1) 注释与溯源管理，包括将注释和溯源作为 bdbms 中的一等对象进行存储、索引、操作和查询；(2) 本地依赖跟踪，用于跟踪数据项之间的依赖关系和派生关系；(3) 更新授权，通过基于内容的授权支持数据策展，以区别于基于身份的授权；(4) 新的访问方法及其支持操作符，支持对各种类型的压缩生物数据类型进行模式匹配。本文介绍了 bdbms 的设计以及支持这些功能所提出的技术，包括对 SQL 的扩展。我们还概述了构建 bdbms 中的一些开放性问题。
引用
@article{arxiv.cs/0612127,
title = {bdbms -- A Database Management System for Biological Data},
author = {Mohamed Y. Eltabakh and Mourad Ouzzani and Walid G. Aref},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0612127},
year = {2007}
}
备注
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