水中离子的全原子分子动力学模拟与布朗动力学的耦合
计算物理
2016-04-27 v1 亚细胞过程
摘要
研究了水溶液中离子（K、Na、Ca 和 Cl）的分子动力学（MD）模拟。水使用 SPC/E 模型描述。提出了一种离子行为的随机粗粒化描述，并使用 MD 模拟进行参数化。它表示为一个耦合随机和常微分方程组，描述离子的位置、速度和加速度。该随机粗粒化模型提供了全原子 MD 模拟与布朗动力学（BD）模型之间的中间描述。它被用于开发一种多尺度方法，该方法在计算域的部分使用全原子 MD 模拟，在域的其余部分使用（较不详细的）BD 模拟。
引用
@article{arxiv.1508.02805,
title = {Coupling all-atom molecular dynamics simulations of ions in water with Brownian dynamics},
author = {Radek Erban},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.02805},
year = {2016}
}
备注
Submitted to Proceedings of the Royal Society A