大刍草局部适应的复杂模式
种群与进化
2013-08-01 v1
摘要
分布广泛的物种种群经常遇到并适应特定的环境条件。然而，全面表征适应的遗传基础要求很高，需要全基因组基因型数据、多个采样种群以及对种群结构的良好理解。我们利用环境和高密度基因型数据描述了玉米野生祖先大刍草 21 个种群局部适应的遗传基础。我们发现，海拔、扩散事件和亚种间的杂交在大刍草内部形成了复杂的层级遗传结构。连锁不平衡模式揭示了四个兆碱基规模的倒位，这些倒位在种群间分离并具有海拔梯度。基于分化模式以及与环境变化的相关性，倒位和非基因区域在大刍草的局部适应中起着重要作用。此外，我们注意到，分化强烈的单个种群可能会偏差适应性位点的识别。理论已预测倒位在局部适应中的作用，随着更多植物物种的全基因组数据变得可用，这一点需要引起关注。这些结果还表明，非编码变异可能发挥重要作用，特别是在基因空间仅占整个基因组一小部分的大型植物基因组中。
引用
@article{arxiv.1208.0634,
title = {Complex patterns of local adaptation in teosinte},
author = {Tanja Pyhäjärvi and Matthew B. Hufford and Sofiane Mezmouk and Jeffrey Ross-Ibarra},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.0634},
year = {2013}
}