环境变化量与转录组变化量的比较
细胞行为
2016-02-17 v1 基因组学
摘要
细胞必须协调基因组表达的调整以适应环境变化。我们假设转录组变化量与环境变化量成正比。为捕捉环境变化对转录组的影响，我们比较了在几种浓度苯巴比妥培养的家蚕脂肪体组织的转录组多样性（定义为频率分布的香农熵）。尽管不存在比例关系，但我们确实确定了一个介于0.25和1.0 mM之间的药物浓度临界点。在低于临界点的药物浓度培养基中培养的细胞表现出均匀的高转录组多样性，而在高于临界点的药物浓度培养基中培养的细胞表现出均匀的低转录组多样性。转录组多样性的可塑性通过以下培养实验得到证实：先在无苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养脂肪体，以及在前次培养（先在无苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养80小时，随后在添加1.0 mM苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养10小时）后，在添加0.25 mM苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养。有趣的是，在前次培养（先在无苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养80小时，随后在添加1.0 mM苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养10小时）后，在含0.25 mM苯巴比妥的培养基中培养的细胞，其转录组多样性不同于前次培养（先在无苯巴比妥的MGM-450昆虫培养基中培养80小时）后，在含0.25 mM苯巴比妥的培养基中培养的细胞。这种转录组多样性的滞后现象表明基因组表达系统具有多稳态性。
引用
@article{arxiv.1501.01677,
title = {Comparison between the amount of environmental change and the amount of transcriptome change},
author = {Norichika Ogata and Toshinori Kozaki and Takeshi Yokoyama and Tamako Hata and Kikuo Iwabuchi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.01677},
year = {2016}
}