关于“用改进的 Martini 粗粒化力场捕捉三元脂质混合物的相行为”的评论
生物物理
2020-09-17 v1 软凝聚态物质
摘要
我们在此报告“用改进的 Martini 粗粒化力场捕捉三元脂质混合物的相行为”[Journal of Chemical Theory and Computation 2018, 14, 11, 6050-6062] 中所引入模拟模型的缺陷。该改进的 Martini 模型据称可复现 DOPC/DPPC/胆固醇三元混合物的实验相图，包括两相液体的共存。然而，我们证明这种共存仅因不幸的模拟参数选择而出现，这导致能量守恒不佳。具体而言，对胆固醇模型的约束从膜中抽走了能量，导致两个共存相处于截然不同的温度。使用所使用胆固醇模型推荐的模拟参数，该人为假象被消除，但相共存也随之消失，即不再能复现实验相图。需着重指出，本评论曾投稿至 Chemical Theory and Computation，但被主编未经同行评审即拒稿，其声明该期刊“极少发表此类材料”。
引用
@article{arxiv.2009.07767,
title = {Comment on "Capturing Phase Behavior of Ternary Lipid Mixtures with a Refined Martini Coarse-Grained Force Field"},
author = {Matti Javanainen and Balazs Fabian and Hector Martinez-Seara},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.07767},
year = {2020}
}