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在统一系统发育树中结合直系同源与异源同源数据

组合数学 2021-07-06 v1 离散数学 种群与进化

摘要

一棵带顶点标号t(v)t(v)与集值边标号λ(e)\lambda(e)的有根树TT通过如下方式定义叶子对上的映射δ\deltaε\varepsilon:若xxyy的最后公共祖先lca(x,y)\text{lca}(x,y)标号为qq,则令δ(x,y)=q\delta(x,y)=q;若沿从lca(x,y)\text{lca}(x,y)yy的路径上至少一条边ee满足mλ(e)m\in\lambda(e),则mε(x,y)m\in \varepsilon(x,y)。我们证明,一对映射(δ,ε)(\delta,\varepsilon)源于树(T,t,λ)(T,t,\lambda)当且仅当存在唯一最小分辨率顶点标号树(Tδ,tδ)(T_{\delta},t_{\delta})(解释δ\delta)与唯一最小分辨率边标号树(Tε,λε)(T_{\varepsilon},\lambda_{\varepsilon})(解释ε\varepsilon)的公共加细(前提是两树均存在)。该结果在禁止相邻顶点与边上某些标号组合时依然成立。

关键词

引用

@article{arxiv.2107.01893,
  title  = {Combining Orthology and Xenology Data in a Common Phylogenetic Tree},
  author = {Marc Hellmuth and Mira Michel and Nikolai N. Nøjgaard and David Schaller and Peter F. Stadler},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2107.01893},
  year   = {2021}
}