β-内酰胺酶TEM-1的共进化景观推断与突变的上下文依赖性
定量方法
2015-10-13 v1 统计力学
生物大分子
摘要
突变景观的定量表征是进化与医学生物学中一项极为重要的任务：例如，它对我们理解与疾病和抗生素耐药性相关突变的表型效应具有核心重要性。本文提出了一种基于感兴趣蛋白同源物大规模比对之统计分析的突变景观推断新方案。我们的方法能够捕捉残基间的上位性耦合，从而评估突变效应对其所处序列背景的依赖性。与近期β-内酰胺酶TEM-1（一种提供抗β-内酰胺类抗生素能力的蛋白）的大规模诱变数据相比，相较于忽略上位性的方法，我们的方法将解释力提升了约40%。我们发现，提供信息的序列背景延伸至距突变位点原生距离约20{\AA}的残基，因而远超出直接物理接触的残基。
引用
@article{arxiv.1510.03224,
title = {Coevolutionary landscape inference and the context-dependence of mutations in beta-lactamase TEM-1},
author = {Matteo Figliuzzi and Hervé Jacquier and Alexander Schug and Olivier Tenaillon and Martin Weigt},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.03224},
year = {2015}
}
备注
14 pages, 5 figures. Supplementary files on the publisher's website: http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2015/10/06/molbev.msv211.short?rss=1