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瞬态结合快速连接子的粗粒化动力学

软凝聚态物质 2023-06-06 v3 生物物理

摘要

快速连接子与较慢粒子之间的瞬态键在物理与生物系统中广泛存在。尽管其结构与功能多样,一个共性在于连接子的扩散时间尺度远快于其所结合粒子的整体运动时间尺度。这限制了需要高精度分辨这些不同时间尺度的数值与理论方法。因此,许多模型诉诸于有效但临时的粗粒化动力学,其中仅在结合时才考虑连接子运动。本文为这种在平衡态保持细致平衡的粗粒化动力学提供了数学依据。我们的推导基于多尺度平均技术,具有广泛适用性。我们通过快速连接子结合慢粒子的极小模型模拟验证了结果。我们展示了该框架如何应用于多种系统,包括多连接子、结合时刚化的连接子,或具有力依赖解离的滑移键系统。重要的是,细致平衡的保持仅设定结合速率与解离速率之比,而不约束结合动力学的详细表达式。最后我们讨论了不同结合动力学选择如何影响宏观动力学。

关键词

引用

@article{arxiv.2212.08777,
  title  = {Coarse-grained dynamics of transiently-bound fast linkers},
  author = {Sophie Marbach and Christopher E. Miles},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2212.08777},
  year   = {2023}
}

备注

updated: 7 figures, 15 pages main text, 8 page supplement