Cnidaria：原始与组装基因组及转录组NGS数据的快速无参考聚类
基因组学
2015-11-18 v1
摘要
背景：生物标本鉴定是多种应用的主要需求。无参考方法分析未处理测序数据而不依赖先验知识，但通常不能扩展到任意大的基因组和任意大的系统发育距离。结果：我们提出 Cnidaria，一个用于聚类基因组和转录组数据的实用工具，对基因组大小或系统发育距离无限制。我们成功同时聚类了来自 4 个界的 169 个基因组和转录组数据集，在种上水平达到 100% 鉴定准确率，物种水平 78% 准确率。讨论：CNIDARIA 允许快速、资源高效地比较和鉴定原始及组装的基因组和转录组数据。这有助于回答基础问题（如系统发育、生态多样性分析）和实际问题（如测序质量控制、引物设计）。
引用
@article{arxiv.1511.05530,
title = {Cnidaria: fast, reference-free clustering of raw and assembled genome and transcriptome NGS data},
author = {Saulo Alves Aflitos and Edouard Severing and Gabino Sanchez-Perez and Sander Peters and Hans de Jong and Dick de Ridder},
journal= {arXiv preprint arXiv:1511.05530},
year = {2015}
}
备注
47 pages, 13 figures