一种从下一代测序数据中识别系统发育信息的复合基因组方法
种群与进化
2015-06-12 v3 基因组学
摘要
我们开发了一种新方法，可直接从下一代测序 reads 中快速获取用于系统发育的同源基因组数据，而无需使用参考基因组。这款名为 SISRS 的软件避免了从头全基因组组装、基因组间比对和注释等耗时步骤。在模拟中，SISRS 能够识别大量包含具有系统发育信号的变异位点的基因座。对于来自猿类的基因组数据，SISRS 识别了数千个变异位点，据此我们构建了准确的系统发育树。最后，我们利用 SISRS 识别系统发育标记，并用于估计胎盘哺乳动物的系统发育。我们从多个数据集中恢复的系统发育树与先前关于哺乳动物关系的相互矛盾的估计一致。SISRS 是开源的，可免费下载，网址为 https://github.com/rachelss/SISRS。
引用
@article{arxiv.1305.3665,
title = {A Composite Genome Approach to Identify Phylogenetically Informative Data from Next-Generation Sequencing},
author = {Rachel S. Schwartz and Kelly Harkins and Anne C. Stone and Reed A. Cartwright},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.3665},
year = {2015}
}
备注
12 pages plus36 figures, 1 supplementary table, 3 supplementary figures