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电荷模式匹配作为内在无序蛋白功能性相分离的“模糊”分子识别模式

生物大分子 2017-11-15 v2

摘要

生物功能性内在无序蛋白(IDPs)的液-液相分离由其氨基酸序列编码的相互作用驱动。目前对于将不同IDP序列分配到各种无膜细胞区的分子识别机制知之甚少。最近通过应用随机相近似(RPA)聚合物理论于静电学解决了相关物理问题,静电学是控制IDP相性质的主要能量组分。RPA考虑了电荷模式,因此优于Flory-Huggins和Overbeek-Voorn平均场理论。为了在推进多种IDP序列相行为解码方面取得进展,现将针对一种IDP物种加溶剂的RPA公式扩展至处理含两种IDP物种的两性聚电解质溶液。新公式通常允许两相的二元共存,每相包含两组不同的体积分数 (ϕ1,ϕ2)(\phi_1,\phi_2) 对应于两种不同的IDP序列。预测的两共存相之间关于其两种序列的 ϕ1/ϕ2\phi_1/\phi_2 比的不对称性随其电荷模式间不匹配的增加而增加。该发现指向一种多价、随机、“模糊”的分子识别模式,有助于将各种IDP序列差异性地填充到分离的相区室中。通过Flory-Huggins模型提供了该趋势的直观说明,其中也探讨了三元共存的假设情况。用依赖于IDP体积分数 ϕ=ϕ1+ϕ2\phi=\phi_1+\phi_2 的相对介电常数 ϵr(ϕ)\epsilon_{\rm r}(\phi) 对当前RPA理论进行增强,导致更高的相分离倾向,与我们之前研究的单一IDP物种情况一致。

关键词

引用

@article{arxiv.1707.08990,
  title  = {Charge Pattern Matching as a "Fuzzy" Mode of Molecular Recognition for the Functional Phase Separations of Intrinsically Disordered Proteins},
  author = {Yi-Hsuan Lin and Jacob P. Brady and Julie D. Forman-Kay and Hue Sun Chan},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1707.08990},
  year   = {2017}
}

备注

Accepted for publication in New Journal of Physics (IOP) for the "Focus On Phase Transitions in Cells" Special Issue; 37 pages, 11 figures