CavDetect: 基于 DBSCAN 的蛋白质结构空腔检测新模型

Swati Adhikari; Parthajit Roy

CavDetect: 基于 DBSCAN 的蛋白质结构空腔检测新模型

机器学习 2024-07-29 v1 生物大分子定量方法

作者: Swati Adhikari , Parthajit Roy

摘要

蛋白质结构上的空腔是由于蛋白质与小分子配体之间相互作用形成的,这些配体是与蛋白质结合的位点。实际检测此类位点对于整个药物设计过程至关重要。本研究提出了一种基于 Voronoi tessellation 的新型空腔检测模型,用于检测蛋白质结构上的空腔。由于蛋白质原子空间稠密且体积大,DBSCAN (基于密度的空间 clustering of applications with noise) 算法能够很好地处理此类数据,且无需事先知道簇数(空腔数),因此本研究提议使用 DBSCAN 算法实现所提出的算法。

关键词

空腔检测 DBSCAN Voronoi tessellation 蛋白质结构药物设计

引用

@article{arxiv.2407.18317,
  title  = {CavDetect: A DBSCAN Algorithm based Novel Cavity Detection Model on Protein Structure},
  author = {Swati Adhikari and Parthajit Roy},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2407.18317},
  year   = {2024}
}

备注

14 pages, 9 figures

CavDetect: 基于 DBSCAN 的蛋白质结构空腔检测新模型

摘要

关键词

引用

备注

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